Донепезилу гідрохлорид та/або будь-які його метаболіти не гальмують метаболізм теофіліну, варфарину, циметидину або дигоксину у людини. Одночасний прийом дигоксину або циметидину не впливає на метаболізм донепезилу гідрохлориду. У дослідженнях в умовах іn vitro було показано, що ізоферменти системи цитохрому P450, зокрема ізофермент 3A4 та з меншою мірою ізофермент 2D6, беруть активну участь у метаболізмі донепезилу. У дослідженнях для вивчення лікарської взаємодії в умовах in vitro було показано, що кетоконазол і хінідин, які є інгібіторами відповідно ізоферментів CYP3A4 і 2D6, гальмують метаболізм донепезилу. Тому ці та інші інгібітори ізоферменту CYP3A4, наприклад ітраконазол та еритроміцин, а також інгібітори ізоферменту CYP2D6, наприклад флуоксетин, можуть гальмувати метаболізм донепезилу. У дослідженні з участю здорових добровольців кетоконазол підвищував середню концентрацію донепезилу у крові приблизно на 30 %. Індуктори ферментів, наприклад рифампіцин, фенітоїн, карбамазепін та алкоголь, можуть знижувати концентрацію донепезилу в крові. Ступінь індукуючої або гальмуючої дії залишається невідомим, тому слід з обережністю застосовувати такі комбінації препаратів. Донепезилу гідрохлорид може впливати на препарати з антихолінергічною активністю, зменшуючи їх дію. Синергічна активність може проявлятися при одночасному прийомі лікарського засобу Донекс з сукцинілхоліном, іншими міорелаксантами, холінергічними агоністами або бета-блокаторами, які впливають на провідність серця. Так, одночасне застосування лікарського засобу Донекс з міорелаксантами деполяризуючої дії може призвести до надмірного розслаблення скелетних м'язів, що особливо небезпечно через зупинку дихання, у зв'язку із надмірною релаксацією дихальних м'язів. Одночасне застосування лікарського засобу Донекс з холіноміметичними препаратами може спричинити сильну нудоту, блювання, слинотечу, підвищене потовиділення, зменшення частоти серцевих скорочень, зниження артеріального тиску, пригнічення дихання, судоми. Одночасне застосування лікарського засобу Донекс з бета-блокаторами може суттєво зменшити силу і частоту серцевих скорочень та призвести до пригнічення провідної системи серця (див. розділ «Особливості застосування»).
Повідомлялося про випадки подовження інтервалу QTc та torsade de рointes при застосуванні донепезилу. Рекомендується бути обережним при застосуванні донепезилу одночасно з іншими лікарськими засобами, які подовжують інтервал QTc, може знадобитися клінічний моніторинг (ЕКГ). Нижче вказані приклади таких засобів:
антиаритмічні засоби ІА класу (наприклад, хінідин);
антиаритмічні засоби ІІІ класу (наприклад, аміодарон, соталол);
деякі антидепресанти (наприклад, циталопрам, есциталопрам, амітриптилін);
інші антипсихотичні засоби (наприклад, похідні фенотіазину, сертиндол, пімозид, зипразидон);
деякі антибіотики (наприклад, кларитроміцин, еритроміцин, левофлоксацин, моксифлоксацин).