-З боку органів травлення: болі в животі, запор, діарея, метеоризм, нудота, блювота сухість у роті, порушення смаку, стоматит, гастроінтестинальний кандидоз, мікроскопічний коліт, транзиторне підвищення рівня "печінкових" ферментів в плазмі; у хворих з попереднім тяжким захворюванням печінки — гепатит (у т. ч. з жовтяницею), порушення функції печінки; у хворих з важкими супутніми соматичними захворюваннями — енцефалопатія.
З боку нервової системи: є головний біль безсоння, збудження, депресія, агресія, галюцинації, збентеженість.
Психічні розлади: запаморочення, сонливість, парестезії;
З боку опорно-рухового апарату: слабкість, м'язова слабкість, біль у м'язах, біль у суглобах.
З боку системи кровотворення: лейкопенія, тромбоцитопенія; в окремих випадках — агранулоцитоз, панцитопенія.
З боку шкірних покривів: свербіж; рідко, в окремих випадках — фотосенсибілізація, мультиформна еритема, алопеція.
Алергічні реакції: дерматити, свербіж, висип, кропив'янка, світлочутливість, мультиформна еритема, синдром Стівенса-Джонсона, токсичний епідермальний некроліз,
підгострий шкірний червоний вовчак, ангіоневротичний набряк, бронхоспазм, інтерстиціальний нефрит і анафілактичний шок.
Інші: порушення зору, периферичні набряки, посилення потовиділення, лихоманка, гінекомастія; утворення шлункових гландулярних кіст під час тривалого лікування (наслідок інгібування секреції соляної кислоти, носить доброякісний, оборотний характер). При тривалому застосуванні і/або у високих дозах капсул Омепразолу можливий підвищений ризик переломів стегна, зап'ястя, хребта. Алопеція.
Метаболічні розлади: гіпонатріємія; гіпомагніємія; важка гіпомагніємія може призвести до гіпокальціємії. Гіпомагніємія також може бути пов'язана з гіпокаліємією.