Найчастішими побічними ефектами є шлунково-кишкові розлади: діарея, нудота та мікозит. Найчастіше спостерігається також лейкопенія.
Нижче описані побічні ефекти. Оцінка частоти: дуже часто (≥1/10), часто (≥1/100, <1/10), нечасто (≥1/1000, <1/100), рідко (≥1/10000 , <1/1000), дуже рідко (<1/10 000), частота невідома (не може бути оцінена за наявними даними).
Інфекції та інвазії: дуже часто — інфекції; нечасто — сепсис; дуже рідко — псевдомембранозний коліт.
Кров та лімфатична система: дуже часто — лейкопенія, мієлосупресія, нейтропенія, тромбоцитопенія, анемія, панцитопенія; рідко — агранулоцитоз.
Імунна система: дуже часто — імуносупресія; дуже рідко — анафілактичні реакції, анафілактичний шок.
Ендокринні розлади: рідко — збільшення загальної кількості тироксину (Т4), збільшення загальної кількості трийодтироніну (Т3).
Метаболізм та розлади харчування: нечасто — гіперурикемія, дегідратація. Психічні розлади: рідко — сплутаність свідомості.
З боку нервової системи: нечасто — ністагм, головний біль, запаморочення, симптоми хвороби Паркінсона, пірамідні симптоми, ейфорія, сонливість; рідко — кортикальні розлади, екстрапірамідні розлади, неврит зорового нерва, периферична нейропатія; дуже рідко — симптоми лейкоенцефалопатії, у тому числі атаксія, гострі мозочкові порушення, дизартрія, сплутаність свідомості, дезорієнтація, міастенія, афазія, судоми або кома у пацієнтів, які отримують високі дози флуороурацилу, та у пацієнтів з дефіцитом ферменту дигідропірези. Поодинокі випадки інфаркту головного мозку при комбінованій хіміотерапії з мітоміцином С або цисплатином.
Органи зору: часто — кон'юнктивіт; нечасто — посилена сльозотеча, дакріостеноз, зниження гостроти зору, порушення руху очного яблука, фотофобія, диплопія, блефарит, кератит, ектропіон.
Серцеві розлади: дуже часто — зміни на ЕКГ; часто — біль у грудях, подібний до болю при стенокардії; нечасто — аритмія, інфаркт міокарда, міокардит, серцева недостатність; рідко — інфаркт міокарда, дилатаційна кардіоміопатія, гостра серцева слабкість; дуже рідко — зупинка серця, раптова серцева смерть. Кардіотоксичні побічні реакції з'являються в основному під час або протягом декількох годин після першого циклу лікування. Існує підвищений ризик кардіотоксичності у пацієнтів з ішемічною хворобою серця або кардіоміопатією в анамнезі.
Судинні розлади: нечасто — артеріальна гіпотензія; рідко — мозкова ішемія, шлуночкова ішемія, периферична ішемія, ішемія міокарда, кишкова ішемія, синдром Рейно, васкуліт, тромбофлебіт/vein tracking, тромбоемболія.
Органи дихання: нечасто — носова кровотеча, задишка, бронхоспазм.
Шлунково-кишкові розлади: дуже часто — шлунково-кишкові побічні ефекти дуже поширені і можуть бути небезпечними для життя: запалення слизової оболонки, стоматит, езофагіт, фарингіт, гастроентерит, ентерит, коліт, проктит, рідка діарея, нудота, блювання, анорексія; нечасто — виразка шлунка, шлунково-кишкова кровотеча.
З боку печінки: нечасто — печінково-клітинні порушення; дуже рідко — некроз печінки (випадки з летальним кінцем), склероз жовчних шляхів, холецистит.
Шкіра та підшкірні тканини: дуже часто — алопеція. Синдром долонно-підошовної еритродизестезії спостерігався при тривалій та безперервній інфузії високими дозами препарату. Синдром починався з дизестезії долонь і підошв, що переходить у біль та болючість. Паралельно розвивався набряк та еритема рук та ніг; нечасто — дерматит, висип, кропив'янка, зміни стану шкіри (сухість шкіри, тріщини, еритема, свербляча макулопапульозна висипка, гіперпігментація, гіпопігментація), смугаста гіперпігментація або депігментація поблизу вен, зміна нігтьових пластинок (знебарвлення, , фоточутливість, місцева запальна реакція.; рідко — шкірний червоний вовчак.
З боку кістково-м'язової системи: нечасто — некроз носових кісток.
З боку нирок та сечовивідної системи: нечасто — ниркова недостатність.
З боку репродуктивної системи: нечасто — порушення сперматогенезу та овуляції.