Залежно від частоти побічні реакції розподілені на такі категорії: дуже поширені (≥ 1/10), поширені (≥ 1/100, < 1/10), непоширені (≥ 1/1000, < 1/100), рідко поширені (≥ 1/10000, < 1/1000), поодинокі (< 1/10000), частота невідома.
З боку імунної системи
Частота невідома: анафілактична реакція.
З боку нервової системи
Поширені: головний біль, запаморочення, непритомність.
З боку шлунково-кишкового тракту
Дуже поширені: діарея*.
Поширені: біль у животі*, запор, метеоризм, диспепсія, нудота, блювання.
З боку шкіри і підшкірної тканини
Рідко поширені: алергічні реакції, висипання.
Ефекти на вагітність, післяродовий та перинатальний періоди
Емболія амніотичної рідини, ненормальне скорочення матки, смерть плода, дистрес-синдром плода, неповний аборт, передчасне народження, збережена плацента, гіперстимуляція та розрив матки, перфорація матки, інфекція статевих шляхів.
З боку репродуктивної системи та порушення функції грудей
Непоширені: піхвова кровотеча (у тому числі постменопаузна кровотеча), міжменструальна кровотеча, порушення менструального циклу, маткові судоми, тривалі менструальні кровотечі, в середньому протягом 9 днів (до 45 днів).
Рідко поширені: менорагія, дисменорея.
Частота невідома: маткова кровотеча.
Вроджені та генетичні розлади
Частота невідома: вроджені дефекти.
Ефекти загального характеру і місцеві реакції
Дуже поширені: тремтіння, пропасниця, у тому числі температура тіла більше 40 °C.
Поширені: озноб.
Непоширені: втома.
Взагалі, тремтіння і пропасниця мають місце через 60–90 хвилин після прийому мізопростолу і є тимчасовими та короткочасними.
Жінкам варто рекомендувати провести повторне обстеження, якщо вони відчувають тривалу сильну кровотечу або пропасницю.
* Діарея та болі у животі пов’язані з дозою і зазвичай розвивалися на початку курсу терапії і були самовиліковними. Повідомлялося про рідкісні випадки глибокої діареї, що призводила до сильної дегідратації. Діарея може бути зведена до мінімуму, якщо приймати разові дози не більше 200 мкг з їжею та уникати застосування препаратів переважно антацидів, що містять магній.